El Apertura 2006 bajo la dirección técnica de Luis Fernando Tena parecía cambiar el rumbo del equipo, ya que el club lograba ocupar los primeros lugares nuevamente, ganó 9 partidos, empató 3 y perdió 5, en cuartos se enfrentó al Atlas al cual logró eliminar duramente; en semifinales enfrentó a Guadalajara, sin embargo el Rebaño con un global de 2-0 logró acceder a la final. El 19 de abril de 2006 obtiene la Copa de Campeones de la Concacaf 2006, el quinto título de este torneo en su historia al derrotar al Toluca, por 2-1 en tiempo extra, en juego celebrado en el Estadio Azteca; y con ello, equipacion liverpool logró su pase al Copa mundial de clubes 2006. En dicho torneo había vencido en cuartos de final a Portmore United (global 7-3) y en semifinales a Alajuelense (global 2-1); los anotadores de la final fueron Kleber Boas y Duilio Davino.
