A continuación, el 28 de enero, se disputó el partido de vuelta de cuartos de la Copa en el Calderón, donde el Atlético no pudo pasar del empate a cero ante el recién ascendido y colista de Primera. El 22 de enero, el equipo viajó a Huelva para disputar la ida de los cuartos de final de la Copa del Rey, en la que perdió 1-0 en el Colombino ante el Recreativo de Huelva con un equipo plagado de suplentes.
